Splinter Cell Trilogy to przeróbka trzech pierwszych odsłon popularnego cyklu zręcznościówek opowiadających o przygodach agenta Sama Fishera.
W skład zestawu wchodzą trzy odsłony cyklu. Akcja pierwszej z nich (Tom Clancy's Splinter Cell) toczy się w 2004 roku i wprowadza nas w mroczny świat organizacji Third Echelon. Sam Fisher dostaje zadanie wyjaśnienia sprawy zaginięcia gdzieś na terytorium Gruzji dwóch agentów CIA. Wkrótce okazuje się, że sytuacja w tym kraju jest znacznie poważniejsza. Światu grozi kolejna wojna i jej powstrzymanie spada oczywiście na nasze barki.
Część druga (Tom Clancy's Splinter Cell: Pandora Tomorrow) toczy się w 2006 roku i jej akcja rozgrywa się głównie na terytorium Indonezji. Wytrenowany przez CIA do walki z komunistami lokalny przywódca wojskowy Sadono ma dosyć obecności obcych wojsk w swoich kraju i zamierza przejąć w nim władzę. W tym celu rozpoczyna przeciwko Stanom Zjednoczonym i ich obywatelom zakrojoną na szeroką skalę kampanię terroru, której pierwszy etapem jest zajęcie lokalnej ambasady amerykańskiej. Wkrótce okazuje się, że Sadono rozmieścił na terytorium USA bomby z bronią biologiczną i grozi ich aktywacją, jeśli stanie mu się cokolwiek złego. Jako, że w takiej sytuacji wojsko amerykańskie ma związane ręce, na miejsce wysłany zostaje Sam Fisher.
Trzecia część (Tom Clancy's Splinter Cell: Chaos Theory) rozgrywa się w 2007 roku. Wszystko zaczyna się od uprowadzenia pewnego programisty i szybko przeradza się w wojnę informatyczną pomiędzy Koreą Północną, Chinami, Japonią i Koreą Południową.